Manuel Orozco y Berra, historiador: Coyote Flaco
	Manuel Delgado i Mora, historiador local: Lugar de los pozos de agua
	José Ignacio Borunda, fraile historiador: Territorio de agua del adive o coyote
	La versión más aceptada es la que lo define como: lugar de los que tienen o poseen coyotes, basada en la explicación del topónimo original, que se compune de tres voces nahuas: coyotl, coyote; hua, posesión y can, lugar.

Esta ultima definición es apoyada por historiadores de la talla de Cecilio Robelo, Manuel Rivera y Cambas y Antonio Peñafiel, y aceptada por el cronista de Coyoacán Luis Everaert, quien afirma en su texto "Coyoacán a Vuela-pluma" que: "siguiendo a León-Portilla, se justificaría la intromisión del coyote en el topónimo si se considera que, aparentemente, Coyoacán estaba consagrada a una de las más importantes deidades del pantón mexica, Tezcatlipoca (Espejo Humeante), cuyo nagual, era precisamente, ese cánido depredador".

Bernardino de Sahagún contaba que "hay en estas tierras un animal que se dice coyotl, al cual algunos de los españoles le llaman zorro, y otros le llaman lobo, y según sus propiedades a mi ver no es lobo ni zorro, sino animal propio de esta tierra, es muy belloso, de larga lana; tiene la cola gruesa y muy lamida; las orejas pequeñas y agudas, el hocico largo (...)".

Alberto Pulido, en "Coyoacán Historia y Leyenda", asegura que desde tiempos inmemoriales" el coyote fue el factor más importante en la ecología del Valle de México hasta el siglo XIX, por su destreza en combatir los roedores dañinos: ratones, tuzas y sabandijas de toda especie".

Estas aseveraciones quizás vengan a confirmar de un modo u otro la existencia de estos depredadores en zona coyohuaca, la cual proporcionaría más elementos para la interpretación de su topónimo jeroglífico. El jeroglífico que identifica a esta entidad es el ideagráma o figura de un coyote sentado visto de perfil, enjunto, con la lengua de fuera y un círculo a mitad del cuerpo; características por las cuales durante mucho tiempo se pensó que la imagen hacía referencia a un coyote con el pelo erizado, hambriento y sediento.

Varios investigadores supusieron posteriormente que la lengua de fuera podría remitirnos a un coyote cansado y jadeante, dadas las cualidades de agilidad y velocidad que le son inherentes, ; pero no implicaba necesariamente que estuviera sediento ni hambriento. En esta circunstancia, el círculo que aparenta implicar hambre o vacío podría solamente representar una especie de señal para diferenciarlo de otros cándidos de la zona.

Es muy probable que el topónimo y glifo actuales hayan surgido durante la época en que Coyoacán se fundó, fecha en la cual los historiadores aún no se han puesto de acue4rdo, aunque se cita como parámetro el lapso comprendido entre los siglos X y XII de nuestra Era. Tanto el glifo como el topónimo se encuentran representados en diversos pergaminos, códices y pinturas prehispánicas.